Teren starego lotniska stał się punktem zapalnym pomiędzy Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków a inwestorami Małopolskiego Centrum Nauki Cogiteon.
Budynek ma stanąć na działce znajdującej się w Czyżynach, graniczącej z zachodnią częścią pasa startowego od lat nieistniejącego lotniska. Będzie to instytucja kultury skierowana do dzieci i młodzieży, wpierająca rozwój poprzez edukację i eksperymentowanie. Według planu, w budynku mają się znaleźć m.in. laboratoria, sale konferencyjne oraz stała wystawa dotycząca człowieka. Stworzono również projekt zagospodarowania terenu wokół budynku. Powstanie tam aleja odkryć naukowych oraz edukacyjny plac zabaw. W planach jest także zielony, pokryty roślinnością dach. Znaczna część środków, bo aż 70 proc., pochodzi z Funduszy Europejskich. Inwestycja jest na początkowym etapie. 9 września 2020 r. ma nastąpić rozstrzygnięcie przetargu na generalnego wykonawcę. Zakończenie prac i oddanie budynku do użytku planowano na 2022 r., jednak obecna sytuacja może znacznie pokrzyżować plany inwestorom.
Wojewódzki Konserwator Zabytków Monika Bogdanowska chce wpisać część wspomnianego pasa startowego do rejestru zabytków krajobrazu. Złożyła już w tej sprawie odpowiedni wniosek. Wstrzymuje to prace związane z budową, stawiając inwestorów w trudnym położeniu. Piotr Koziarz rzecznik Centrum Nauki Cogiteon wyjaśnia, że budynek zaprojektowano zgodnie z dotychczasowymi warunkami zabudowy oraz wytycznymi krakowskiego konserwatora zabytków. Zamierza również złożyć w tej sprawie odwołanie. Na stronie internetowej centrum czytamy, że prace nie zostają wstrzymane, a rozstrzygnięcie konkursu odbędzie się w zapowiedzianym terminie.
Przeciwnicy budowy chcą, by na terenie starego lotniska powstał park XXL, na wzór warszawskich Pól Mokotowskich. Zwracają uwagę na fakt sukcesywnego „betonowania” Krakowa i niszczenia wielu terenów zielonych. Mają pretensje, że nikt nie konsultował z nimi planu zabudowy. Nie chcą nowego budynku centrum również ze względu na konieczność doprowadzenia do niego drogi. Musiałaby ona biec pod oknami mieszkańców os. Akademickiego. Proponują, aby zmienić lokalizację Centrum Nauki Cogiteon, przenosząc je do podkrakowskich Branic. Miałoby tworzyć tam część Parku Naukowo-Technologicznego. Urząd Marszałkowski podkreśla jednak, że zmiana lokalizacji może doprowadzić do utraty środków pozyskanych z Funduszy Europejskich. Co ważne w tym kontekście, przeznaczony pod budowę teren był do tego czasu zaniedbany i niezagospodarowany. Mimo że prace nad inwestycją trwają już od kilku lat, dziś trudno przewidzieć, jak skończy się ten spór i gdzie stanie nowy budynek Małopolskiego Centrum Nauki Cogiteon.